Plötsligt griper Johan tag om Margaretas axlar. Han ler som om gesten endast är en kamratlig omfamning, men ögonen glimmar som hos en rovfågel. Margareta slutar nästan att andas.
– Akta dig du, häxpiga, viskar han i hennes öra. Det är farligt att vara i djävulens tjänst ...
1675 är ett år då mörkret sänker sig över Stockholm; det är då häxförföljelserna tar fart. Alltsammans börjar på våren då en pojke kommer till staden, Johan Johansson Grijs. Han har anklagat sin egen mor för att vara häxa och sänt henne i döden.
I Stockholm får Johan en ung beundrarskara som lyder hans minsta vink och trollbundet lyssnar på hans historier om Blåkulla. De skrämmande berättelserna får barnen att misstänka alla, och snart börjar kvinnorna i kvarteret att leva farligt … Alla som ser udda ut eller är duktiga i läkekonst löper risk att bli förföljda. Men det finns en flicka som vågar trotsa Johan och hans följe …
Häxans son är en berättelse med verklighetsbakgrund. Personerna som omnämns har, med ett undantag, funnits i verkligheten. Förutom den fiktiva delen innehåller boken ett kort faktaavsnitt med bilder.