Goethe var inte bara diktare utan också naturforskare, och han hoppades själv att han skulle bli ihågkommen mer som vetenskapsman än som diktare. Så blev nu inte fallet och det är inte konstigt då Goethe i prosaverket Faust frambringat något av det mest imponerade som diktningen överhuvudtaget skådat. Trots detta innehar naturvetenskapen ett huvudtema i Faust då berättelsen ger uttryck för en kritik mot det naturvetenskapliga seendet - allt i motsats till Newton och Descartes och hela 1600-talsvetenskapens atomiserande, reduktionistiska, kausala, mekaniserande och determinerande sätt att tänka. Goethe själv ville inte beträda den radikala abstraktionens väg därför att han ansåg den vara alltför farlig. Huvudpersonen i romanen, Faust, låter oss ana vad det är för faror. Bland allt annat är Faust en besviken fysiker, han har omgett sig med allahanda apparater men de har inte givit honom den ”slutliga förståelsen”. De hemlighetsfulla tecken som Faust söker i sina luntor är på något sätt besläktade med matematikens chiffer. Och hela denna värld av chiffer och instrument, denna trängtan efter allt vidare, djupare, abstraktare kunskap får honom att sluta förbund med djävulen. Han säljer sin själ i utbyte mot vishet och ungdom – och ett liv där han avträtt sig ifrån sin tidigare levnadsuppgift – vetenskapen. Vägen som för från den abstrakta kunskapen till det naturliga livet slutar alltså hos djävulen. Det var den faran som möjligen bestämde Goethes hållning till den naturvetenskapliga och tekniska världen. Han förnam de demoniska krafter som var verksamma i denna utveckling, en utveckling som fortgått in i våra dagar.