I Djupa vatten tvingar mordutredningen kommissarie Çetin Ikmen att undersöka mörka hemligheter i sitt eget förflutna.
En tidig morgon görs en fasansfull upptäckt. Vid Bosporens strand, mitt i Istanbul, ligger en kropp med nästan avskuret huvud. Id-kortet anger hans namn som Rifat Berisha, en ung albansk man vars familj stoiskt håller sig fullständigt sluten. När kommissarie Çetin Ikmen tar hjälp av sin kusin Samsun tycks den våldsamma förklaringen till den unge mannens död vara vara uppenbar. Men snart inser Çetin Ikmen, vars mor var albanska, att mordet han utreder leder rakt in i en blodshämnd där hemligheten kring hans mors död mycket väl kan riskera hans eget liv ...