Pingvin försvunnen tar vid en tid efter där Döden och pingvinen slutade.
Viktor Zolotarjev har återvänt från sin exil på Antarktis och nu är Misja försvunnen från den klinik där han genomgick en hjärttransplantation.
Sergej Pavlovitj,en korrupt politiker med maffianknytning,anställer den förtvivlade Viktor som talskrivare och lover honom hjälp att hitta Misja igen om Viktor i gengäld hjälper honom att vinna ett val.Han vinner inte valet,men ett löfte är ett löfte.Misja är dock inte längre kvar i Kiev utan har sålts till en bankir i Moskva,Bronikovskij,som ska ha köpt honom för att hålla i sitt privata zoo.
När Viktor kommer dit är Bronikovskij död och hans änka utnyttjar Viktor på olika sätt innan han via en av Pavlovitjs kontakter på en kinarestaurang får veta att Misja numera bor i Tjetjenien hos en rebelledare,Chatjajev.
Viktor reser vidare och blir såld som slav till ett krematorium innan han hittar Misjas nya ägare och lyckas förhandla sig till pingvinens frihet...men det kommer kosta.Tack och lov har Viktor lyckats lägga beslag på en smutsig tacka guld som en av hans arbetskamrater på krematoriet lämnade efter sig innan han mystiskt dog.
När Viktor kommer hem är han fylld av motivation att återuppta ett normalt liv,men lägenheten fylls av konflikter eftersom barnflickan Nina nu tagit på sig rollen som husfru och mor åt Sonja,den lilla flicka Viktor anställde henne att passa(och som lämnades i Viktors vård i "Döden och pingvinen").Men lägenheten,tycker Viktor,är fortfarande hans och Nina har han inte lust att gifta sig med bara för att hon plötsligt tror att hon är mamma och husfru...
Pingvin försvunnen är en värdig och än bisarrare fortsättning på Pingvinen och döden,full av liv,humor,skräck och en värld där pengar och kontakter löser de flesta problem,om man har dem...