Skuggan, handlar framförallt om Jenna och Septimus Heap. Det är andra boken boken i serien Septimus Heap, den fösta är "Magi". Ett år har gått sedan Septimus hittade sin familj och Simon Heap lämnade den. Han blev övermagikerns Marcias lärling och studerar flitigt magi. Jenna vars titel som prinsessa eller kanske drottning är nu offentlig, bort på slottet dit också alla hennes fosterföräldrar och frosterbröder har flyttat. (alla utom Septimus som bor i Magikertornet.) Och Simon Heap återkommer, anorlunda. Han sinne är mörkt och han kidnappar Jenna i hopp om att bli den nya Övermagikerns lärling, nämligen Dom Daniel. Samtidigt förföljs Marcia ständigt av en mörk skepnad, en skugga.