Året är 1526 och byn i djungeln ligger ödelagd efter ett överfall av Inkarikets krigare. Den lilla Anamaya har sett sin mamma bli dödad och själv tas hon till fånga och förs inför inkahövdingen Huayna Capac, som ska avgöra hennes öde. Anamaya ser inte ut som de andra flickorna i byn, hennes hy är ljusare och ögonen är blå, blå som Titicacasjöns heliga vatten, säger Inkan som förstår att hon sänts till dem av en särskild anledning. Under sin sista natt i livet avslöjar han alla Inkarikets hemligheter för henne och utser henne till dess förvaltare.
Några år senare landstiger en grupp av 180 män och 57 hästar ledda av kapten Fancisco Pizzaro på Perus norra stränder. Deras svåra resa från Spanien har tagit flera år och när de anländer till detta fjärran land är de utmattade av svält och umbäranden men brinner av längtan efter det guld som enligt sägnerna ska finnas här i överflöd. Med dem är den unge Gabriel Montelucar, som med en hårsmån undsluppit inkvisitionens fängelsehålor och nu längtar efter att göra sig ett namn. Här möter han sitt öde i form av inkaprinsessan Anamaya.
Dessa två världar möts i en kollision som är början till slutet på en av de mäktigaste civilisationer som funnits. Inkafolkets prakt, mystik och rituella liv möter conquistadorernas giriga drömmar om guld och erövringar. Kultur ställs mot kultur, religion mot religion och man mot man i denna storslagna berättelse.
I Pumans skugga är första delen i en serie om Inkariket.