De tre syskonen Nico, Julia och Antonio skiljs åt efter att deras föräldrar dödats av ett blixtnedslag. Nico börjar arbeta på kaffeplantagen och hans två yngre syskon skickas till ett barnhem i staden. De två bröderna återförenas och några
år senare reser de med en mystisk båt på andra sidan berget för att leta efter sin syster. I berättelsen om det hårda livet på den brasilianska landsbygden under 1900-talets första hälft framträder en drömsk verklighet i flera lager. Syskonen Malaquias är en unik skildring
av tre gripande livs öden i brytpunkten
mellan modernitet och tradition.