Under en resa genom Afrika kidnappas Johan Gustafsson i Timbuktu, den legendariska utposten mot Sahara. Han och två medfångar förs genom ett oändligt ökenlandskap, en förflyttning i både tid och rum, till ett universum där liv och död kretsar kring religionen och ett heligt krig.
Ett fängelse utan murar är en berättelse om 2039 dagar i fångenskap, om att överleva i den mest hopplösa av situationer, om att upprätthålla sitt människovärde. Och om att fortsätta drömma om att en dag få komma hem igen.