Urasawas efterlängtade fortsättning efter det abrupta slutet i 20th Century Boys. Här kämpar Kenji och hans vänner mot Friends sista försök att ödelägga jorden. De möter inte bara motstånd från Friends anhängare, FN:s säkerhetstrupper vågar ännu inte lita på dem.
För att lista ut Friends sista plan och att kunna stoppa honom, ger sig Kenji in i Friends virituella spel - och träffar där sig själv som barn. Ju längre han stannar i spelet, desto större är risken att han aldrig tar sig levande ut därifrån. Men Kenji vägar att avsluta spelet innan han tagit reda på den nya Friends identitet.